小叶紫檀的一个比较明显的特征是，小叶紫檀的颜色会随时间变深。劈开一块紫檀木料，我们来看看芯材，就会知道紫檀芯材的颜色是比较偏红的，正因为颜色红，小叶紫檀也一直被称为“鸡血紫檀”。但是，小叶紫檀中含有一种特殊物质紫檀素，这种物质有两个独特特点：一是能溶于高浓度酒中，形成胶状；二是很容易在空气中被氧化而变色。第一个特点就是我们最有效的鉴别紫檀的酒精浸泡紫檀木屑方法的依据，只有紫檀木屑浸泡在酒精中才会被酒精融化成胶绒状。
我们来看紫檀木料中所含特殊物质紫檀素的第二特点。在小叶紫檀尚未加工成佛珠、手把件、木雕工艺品之前，是以木料形式存在，外面有树皮，树皮里面有一层白皮，这2层能有效防止树干中的紫檀素接触到空气中的氧气，因此小叶紫檀木料在未被加工前，是很地道的橘红色，颜色比较鲜艳，这就是为什么刚刚从佛珠加工车间出来的小叶紫檀佛珠的表面颜色是那么红、那么艳的缘故。
紫檀木料被加工成佛珠等产品后，表面完全裸露在空气中，无可避免地被空气中的氧气氧化，时间越长氧化越厉害，颜色也就越深，这个效果也是很明显的，一般在新珠子加工出来后一个月左右，颜色就会明显变成深紫色。
细心的朋友也可能会发现，自己买的紫檀佛珠放一段时间后，珠子颜色都是变深了，而独独佛塔盖住母珠的那一小部分颜色确明显比其他珠子颜色要红艳一些。这正是因为佛塔盖住的那一小部分形成了一个较为封闭的空间，影响了氧化的进程，使得这一部分的颜色因氧化程度小而显得显得红一些。
小叶紫檀时间越长颜色就会越深，所以明清甚至民国时期的一些紫檀家具表面的颜色基本上就是黑色，紫色的色素就很难再见到了，因为颜色深，将紫檀本身具有的纹路也都全部覆盖住了。
